為紀念南開系列學校百年校慶，2004年10月17日南開大學啟用了新的校徽。
南開大學校徽的核心圖像為八角形，它既是南開大學校標的原始形態，也是其核心形態。八角星形由兩個正方形疊加、結合而成，八個角皆為直角，分別指向東、西、南、北、東南、東北、西南、西北八個方向。一是體現“方方正正做人”之意，二是體現南開人“面向四面八方，胸懷博大，廣納新知，銳意進取”之精神。八角星形方圓互動，融合東西，體現了南開大學“智圓行方”的入世哲學、“追求卓越”的立世哲學和“允公允能”的濟世哲學。
校徽中的“南開”二字凝練厚重，而弧形排列的“NANKAI UNIVERSITY”簡約明快，表征了南開大學是一所歷史悠久、面向世界的東方學府，圖標下部以“1919”具體說明南開大學的創建時間。
校徽顏色的產生要追溯到1917年。當時，南開中學已經成立，而南開大學的建立尚在籌劃之中。張伯苓先生為了創辦南開大學到美國進修和考察。臨行前他將南開中學校長的職務委托給他的弟弟、南開中學教師張彭春代理。當年9月22日，天津南運河決口，洪水涌進南開中學，水深近兩米，情況十分危急。在張彭春的指揮下，教師們護送全體學生緊急轉移至安全地帶。10月，全校又遷入河北政法學校借校上課。這場突如其來的天災，對那些當時年僅十幾歲的中學生來說，是一次艱苦的磨煉。由于床位緊張，他們只能住在臨時騰出的宿舍里，一個鋪挨一個鋪，擠得像沙丁魚。因為水災導致糧食奇缺，正在長身體的學生們只能喝粥充饑。為了區別于其他學校學生，每名南開中學的學生胸前都佩戴一枚紙制的紫白色相間臨時校徽。紫色是南開校色（寓意“紫氣東來”），正是這枚紫白校徽，使學生們牢記自己是南開人。后經搶險救災，南開中學的校舍得以恢復使用。以后每年９月23日晚上，學校都要在飯廳里舉行一次“水災紀念會”。全體學生坐在飯桌前喝粥紀念，而且胸前都佩戴印有“南開”二字的紫白色卡片，同當年那個紙制校徽一樣，只是下面加印了一行小字：“民國六年水災紀念”。這就是南開校徽顏色的由來。
這是南開大學最早的校徽，呈盾牌形狀，仍然沿襲了紫白相間的主色調。在紫色背景下，用反白色漢字從右向左分兩行寫著“南開”、“大學”，兩行漢字之間白色條形區域中，是紫色的、從左向右排列的“NANKAI”。三行文字皆向右上方傾斜。
南開大學后來改用下圖顯示的圓形校徽，但是具體更改時間和原因還沒有查到。
圓形校徽中核心內容為八角星圖案和嵌于其中的“南開”二字，校徽外圓的上半部分是南開大學的英文名稱，下半部分是南開大學所在城市——天津的英文名稱。2004年校慶之前，一直使用這個校徽。
為紀念南開系列學校百年校慶，南開大學自2004年10月17日開始啟用新校徽，就是上面展示的第一
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